III章 【Pica Pica】——鸟谷真琴线中，草薙直哉了解到了鸟谷真琴此前如此拼命地想要留住美术部和参加穆尔展的原因：她想要让美术部里的两位天才闻名于世，绽放光芒。鸟谷真琴努力地想要让草薙直哉重新拿起画笔，参加穆尔展，但却得知草薙直哉由于过去的某件事故，右手受伤而无法参赛的事实。与此同时，鸟谷真琴与作为弓张学院校长的母亲之间的关系和地头蛇中村家的过去被阐明，夏目圭与鸟谷真琴的关系也被揭开，并开始困扰着她。为了解决复杂的家族问题所带来的一系列麻烦，草薙直哉帮助鸟谷真琴和校长，处理了咄咄逼人的亲戚，帮助夏目圭的生母摆脱了麻烦。在处理完这些后，鸟谷真琴将自己的心意化为了精美的陶艺作品，让夏目圭第一个看到她的心血之作。可惜的是，她想要让美术部的两位天才绽放的愿望伴随着夏目圭的作品的夭折而终结，无人在穆尔展上获得奖项。虽然如此，鸟谷真琴最终还是从最开始激励着她向往天才和艺术的草薙直哉那里获得了最后的幸福。
III章【Olympia】——御樱稟线中，草薙直哉在绘画教学过程中，重新开始了解这位阔别已久的青梅竹马，两人的关系也逐渐升温。双方互表心意，发展成了情侣关系。由于《樱花们的足迹》的大火，草薙直哉过去的同学长山香奈开始接触骚扰两人，她的调查找到了草薙直哉放弃绘画的理由。神秘少女吹和御樱稟的父亲开始出现在两人面前。在夏目雫的指点下，御樱稟复苏了她的记忆，她一直活在妄想之中逃避过去的记忆，强烈的刺激下病倒了。长山香奈在病房中告诉了她的调查结果：为了保护御樱稟，草薙直哉牺牲了自己的右手，接住了从失火的家中掉落的她。恢复后的御樱稟无比自责，想要自尽的她被草薙直哉救下。美术部最终没有人在穆尔展上获得奖项，神秘的吹依旧存在，但草薙直哉与御樱稟获得了最后的幸福。
III章【ZYPRESSEN】——冰川里奈&川内野优美线中，借助三人的视角和回忆，解释了冰川里奈那超乎常人的平静与温和的由来：幼年的癌症是悲剧的开始，随后服用抗癌药物带来的日光过敏症让她无时不刻都在面临死亡的威胁。冰川里奈为了逃离恐惧，选择了能愉快地直面死亡的艺术来抚慰自己的心灵。川内野优美被冰川里奈散发死亡的气息所吸引，而冰川里奈的处世态度则缓慢侵蚀着川内野优美的生气。这毁灭的倾向直到冰川里奈、川内野优美和草薙直哉在公园中的第一次见面为止。知道背后由来的草薙直哉在台风到来的前几个小时里，在右手负伤的情况下用尽了最后的笔力，用粉笔在公园游乐场的圆顶小屋上画下了如同星辰般的樱花之森，激励冰川里奈对于生命以及艺术的渴望。故事随着冰川里奈的抉择走向不同的方向。草薙直哉不介入冰川里奈和川内野优美的情况下，两人互表心意；而在草薙直哉介入的情况下，川内野优美在如同奇迹般盛开的千年樱下放下了对冰川里奈的执念，祝福草薙直哉与冰川里奈的感情。美术部无人在穆尔展上获得奖项。
III章【A Nice Derangement of Epitaphs】——夏目雫线中，通过草薙直哉的回忆，揭开了草薙、中村和夏目家之间的渊源，解释了夏目雫的奇妙之处和草薙直哉放弃遗产的真正理由。千年樱传说的起始来自于中村家千年来所信奉的伯奇——食梦之巫女的传说。中村家在拥有方相氏巫女之血脉的情况下，妄想从自身的血脉中诞生伯奇。由于害怕自己血脉变薄，中村一家在埋木舍，也就是如今的夏目宅邸，重复进行着妾生妾——让下一代继续当妾，然后生下下一代的近亲交配行为，而夏目雫就是这一代的伯奇。草薙健一郎救出了夏目雫后交给了草薙直哉，让他帮忙藏匿。在这过程中，草薙直哉得知了御樱稟与夏目雫之间的关系，也知道了御樱稟实际上是一位拥有超出想象的艺术才能的人，是草薙健一郎唯一的弟子。为了欺骗中村家，草薙直哉在三星期内做出了六部草薙健一郎的赝作樱七相，成功偿还了欠款，同时放弃了继承遗产来让夏目雫获得自由。草薙直哉与夏目雫最终走到了一起，借此夏目雫说明了她与御樱稟之间的过去，千年樱与御樱稟的愿望产生了共鸣，夏目雫本能地成为了伯奇，夺走了御樱稟的能力和记忆。御樱稟的思念和才能变为了实体，而这即为吹的真身。在确认了两人的关系后，吹就由此消失了。美术部最终没有人在穆尔展上获得奖项。
在完成以上章节后，IV章【What is mind? No matter. What is matter? Never mind】解锁，开始讲述主人公父亲草薙健一郎与母亲草薙水菜的爱情故事。草薙健一郎对于时为中村水菜的好奇促使了草薙健一郎参合进入中村家不为人知的秘密中。草薙健一郎与中村水菜和蓝在埋骨舍度过了一段快乐的时光，但很快被中村家发现。草薙健一郎被围殴后，左手留下后遗症。草薙健一郎由此发誓要将埋骨舍遭遇不幸命运的女子们救出。他以中村水菜为模特绘制了Olympi的赝作，并借助夏目家的力量设计，成功将埋骨舍变为夏目家的地盘。由于谈判未能获得最佳结果，两人最终私奔离开日本。
随后，V章【The Happy Prince and Other Tales】解锁，作为III章后的共通线的继续。草薙直哉所作的六副樱七相赝作产生了巨大的影响：夏目圭为了穆尔展拼劲了全力，不惜透支了身体进行绘画，只是为了想要超越草薙直哉，让草薙直哉重新燃起对于艺术的追求，从而获得了蜕变；长山香奈对于天才的才能的遥望和恨意，纠缠着草薙直哉直到获得真相；麦提弗里曼造访夏目家仓库，对于艺术的批评成为了草薙直哉重新开始绘画的最后一点点推力。为了重拾激情，草薙直哉邀请长山香奈观战他与吹的绘画对决。两人在夜晚的泳池中用水彩颜料决战，最终打成了平手。借此，草薙直哉燃起了创作的激情，开始忘我地绘画。提交作品后入围名单公布，草薙直哉和夏目圭得到了穆尔展的最终选拔机会。最终获得青铜海狮大奖的是夏目圭的画作，但夏目圭在到达会场的路上遭遇了交通事故，猝然离世。
草薙直哉陷入了巨大的悲伤之中，开始自我否定。如果在夏目蓝的关照下选择了否定过去，那么随后的故事会走向草薙直哉读上夏目蓝的母校，抛弃艺术，与夏目蓝共度一生的结局。