“主人，加持良治开始行动了。”“什么？已经开始了吗？”上条一听这话顿时睡意全无，连忙从床上爬了起来并在房间里换上一身轻便的衣服。
上条戴上一顶棒球帽再带上手枪就出了门。碇真嗣和绫波丽在客厅里看电视，明日香似乎出门购物了。碇真嗣看到上条出来便招呼道：“早啊，大哥…你要出门？”“我今天有点急事。”上条道。
“到晚上也可能不会回来。我走了，拜拜。”上条急匆匆地下楼了，而绫波丽却好像看出来什么，她也跟着上条的步伐出了门，所以碇真嗣只好一个人待在家里。上条走在街上，用余光观察着四周。突然，上条发现在人群中有个女孩跟着自己。
是绫波丽！上条停下脚步环顾四周，还好没看见其他人。上条急忙来到绫波丽面前，抓着她的手来到一个小巷子里。“丽，你怎么会在这里？”“我跟着当麻来的。”
“为什么？”绫波丽淡淡地道：“我能感觉到当麻你有秘密瞒着我们。”上条见状叹了口气，于是在把事情的全部真相告诉绫波丽后便让她回去。
“不，我要一起去，我想和你在一起。”绫波丽出乎意料地道，“丽！”上条紧紧地抱住了绫波丽。过了一会，一对恋人正在大街上牵着手走着。
上条脑中有系统提供的地图，上面标出了此次的目的地。这时绫波丽的手突然紧了紧，上条透过前面一辆汽车的车窗反射，发现了两个黑西装。
而上条不慌不忙的和绫波丽进了旁边的一家商场。反跟踪第一条：不能让你的跟踪者发现你已经发现对方。上条和绫波丽在商场里逛来逛去，但对方也不是吃素的，竟然一直跟在后面。
两人即使专挑人多和犄角旮旯的地方走也没能甩掉他们。就在这时，两人来到了女装区。这里人声鼎沸，上条和绫波丽走的急，几次险些撞上路人，然而好运不会一直发威。
两人路过一个拐角，上条一不小心和一个女孩撞了个满怀，“对不起。”上条刚想和绫波丽离开却看到她的脸，“明日香！”“当麻？绫波？你们怎么在这？”上条看都不看明日香疑惑的脸色，带着两女一把钻进旁边的试衣间。
“你干什…唔…”上条捂住她的嘴小声道：“别说话，我们被跟踪了。”明日香扒开他的手惊讶道：“你们被跟踪了？”绫波丽悄悄拉开帘子，看到外面的那两个果然跟了过来，在发现失去他们踪迹后，对着领口说了几句就离开了。
绫波丽对上条点了点头，上条松了口气便转头，只见明日香一脸质询：“现在能解释解释吗？”上条和绫波丽对视一眼，确认少女的眼神后缓缓开口。
从为何被跟踪再到NERV和SEELE的关系，大量的信息轰炸着明日香的脑袋。良久，“虽然还有些不明白，但是现在加持良治先生处于危险之中，对吗？我和你们一起去。”上条笑道：“你可别拖我后腿。”
“你才别拖后腿呢。”于是上条在两女的面前拿出那把明晃晃的沙漠之鹰。三位小特工乘上电车，直往第三东京市的偏远地带行去…审讯结束后，冬月耕造被绑在椅子上，关进了一个伸手不见五指的小黑屋里。不知道过了多久，房间的自动门突然打开了。“是你啊。”冬月平静道，
“好久不见。”加持帮他打开手铐：“外面的人暂时没办法行动了。”“你这种行为会让你丧命的。”加持：“我只是想追求真相而已，而且把亚当标本交给碇司令的事好像暴露了。”“你这是何苦呢，知道越多只会越痛苦。”
“飞蛾即使知道会死也一样会扑进火焰，走吧冬月副司令，我送你出去。”加持微微笑道。SEELE将冬月关在一处秘密的军事基地， 虽然表面上废弃但仍作为SEELE的秘密据点运行。
加持轻车熟路地带着冬月来到一处大门前，他一脚踹开大门后两人走了出去。冬月发现自己在一座山的半山腰上，往远处看还能依稀看见城市的轮廓。“我就送你到这里了，冬月副司令。”加持说。
“你不走吗？”冬月惊讶地看着加持。加持自嘲地笑了笑：“我已经走不了了，无论是NERV还是SEELE，都已没有我的容身之处了。”“那自己保重吧。”
冬月叹息一声就离去了。加持转过身便走进大门，他在生命的最后时刻希望自己能走的体面点，而且自己还有些话要对美里讲。
加持掏出手机拨通葛城美里家的座机。“葛城，是我，当你听到这段留言时，恐怕我已经给你添了不少麻烦…”加持心痛不已，他这一辈子做了太多令自己悔恨不已的事，而最悔恨的事情便是当初分手时没有留下她。
但可惜人生没有后悔药卖，现在想这些已经没有意义了。当电话挂断，加持发现自己来到了基地的通风口，透过排风口可以看见外面照进来的夕阳之光，给阴森冰冷的基地添了几分温暖。加持凝望着这夕阳西下的场景，他突然觉得能在这种环境下死去倒也是个好归宿。
就在这时，一个男人从另一边的通道里走了出来。他看见加持便立即从怀里掏出手枪，黑洞洞的枪口指向加持的胸口。加持良治似乎认识对方：“哟，来得可真够慢的。”说话的语气就好像在与老朋友打招呼一般。然后枪声响起…
“砰”的一声，加持没有倒下而对面的杀手却已经倒了下来。加持惊愕地看着这一幕，他还没明白是怎么回事随后就在通道中听到一位少年的声音幽幽传来：“好了，来细数你的罪恶吧！”