明日香是个要强的女孩，但上条却是她永远无法超越的对象。好在上条注意到她的异常，于是便与明日香单独相处了几次并终于解开她的心结，至于碇真嗣…
他知道上条这么厉害后表示无条件信任上条的话，现在上条对他说的话比他老爸说的都管用。基地里的众人知道后经常在那儿八卦两人关系。
上条和碇真嗣对此也只能一笑了之。这天他们依旧是正常的去上学，可在中午上条突然接到系统的紧急提示：“主人，有突发状况发生。两小时前加持良治绑架了冬月耕造。”上条顿时大吃一惊。
“怎么回事？他居然绑了副司令！力天使还没来呢，怎么这剧情就开始了？”“可能是因为主人过于强悍的实力引起了加持良治的关注吧。”系统解释说。好在上条现在是在学校天台上午休，不然可能会被以为是神经病来着。
“到底该怎么办？”上条心中正在飞速思考着对策。加持良治的身份十分特殊，他是个三重间谍。他既效忠于碇司令又服务于政府内务部，但他真正的身份是动漫中最大反派-SEELE派来监视碇司令的眼线。绑架冬月副司令同样是SEELE的指令。
他们打算从他的口中问出碇源堂真正的意图。如果说SEELE是人的灵魂，那么NERV就是神经。NERV原本是SEELE的执行机构，是用来完成[人类补完计划]的工具，但现在因为碇源堂的领导，NERV正在一步步偏离SEELE那群疯子的剧本。
而绑架冬月副司令就是一个信号-SEELE终于坐不住了。上条既不知道SEELE能从冬月副司令的嘴里得到些什么也不关心这件事，上条在乎的是事件接下来的发展。
不知道为什么，加持良治后来私自放了冬月，然后就被不明人士暗杀了。至于是碇源堂的人还是SEELE的人不得而知，只是他死的时候十分轻松，就好像早就知道一样，从这点来看他确实是个男子汉。
加持良治一直在寻找第二次冲击的真相，或许在踏上这条不归路的那一刻起，他就已经知道自己必将死无葬身之地，但是这并没能阻挡他寻找真相的脚步。
这也是上条敬佩他的原因，他死前把查到的情报放在一个不起眼的胶囊里并在与葛城美里的一次密会中交给了她。而葛城美里也接过了加持良治的遗志，继续调查NERV和SEELE的秘密。
“主人，需要救他吗？”上条心中感叹：“救，为什么不救？不过这次的对手不是使徒而是人类，这就有些难办了。”“以主人现在的实力完全可以直接去救援，但我们缺少情报和武器，这不利于行动展开。”
“也对，龙王之颚的力量不能暴露。至于情报和武器这方面嘛…系统你有解决办法吗？”于是系统自动扣了一万积分提供给上条现在需要的所有情报和一把，额，沙漠之鹰(大威力手枪)。
现在是万事俱备，只欠东风。上条估计现在SEELE还在给冬月副司令训话，所以现在只需要等待，就等加持良治开始营救冬月耕造。到那时，上条只需要像神兵天降一般救出加持良治就万事大吉了。
与此同时在NERV本部，葛城美里的办公室里来了两位不速之客-谍报部的两名特工。他们很没创意地穿着黑西装，戴着墨镜，发型一丝不苟。表情淡然并很没礼貌地闯进来，连门都没敲。“打扰了，葛城三佐。我们是谍报部的人。”
一位特工掏出证件道。“谍报部的人找我有什么事？”葛城美里十分吃惊，她心中隐隐有不好的预感，每次谍报部登门都肯定没好事。“是这样的，两个小时前，冬月副司令失踪了。”那名拿证件的特工道。
“什么，怎么回事？冬月副司令怎么会失踪呢？你们谍报部是怎么办事的？”葛城美里一脸不可置信。“非常抱歉，这的确是我们的失职。根据现场留下的证据来看，我们怀疑冬月副司令被绑架了。”
“对方十分熟悉我们的工作规律，对NERV的运行机制也十分了解。初步猜测，实施这次绑架的嫌犯是内鬼。”“你们已经框出嫌疑人了吧。”葛城美里很快知道了这位特工的意思并目光灼灼地道。
“没错，根据分析，最大的嫌疑人就是加持良治。”虽然葛城美里已经隐隐约约猜到了，但亲耳听到他的名字时，心里不禁“咯噔”一下。她慢慢闭上双眼然后深呼一口气，即使再怎么嘴硬她也无法否认。
自己还爱着那轻浮又邋遢的他。良久，葛城美里才睁开双眼，神色十分淡然。“我明白了，鉴于我和他的特殊关系，你们怀疑到我头上也是理所当然。”葛城美里拿出身份卡和配枪并放在桌子上。
特工：“您能配合，我们十分高兴。”然后，葛城美里就被两位特工带走了。过了几小时，上条与绫波丽、明日香、碇真嗣坐在回家的电车上。腰间插着把货真价实的手枪，上条觉得这像是在拍特工片。
等三人回到家里却发现葛城美里还没回来。对此上条并不惊讶，她现在应该已经被谍报部控制住了，当然不可能回来。明日香在旁边一脸不耐烦地打电话：“真是的，美里的电话打不通啊。”碇真嗣眉头一皱，也察觉到一丝不寻常的气息。
“平常美里小姐晚归或是不回来，一定会打电话回来的。”“不行，打不通。”明日香放下了手机，“要不我再打一个试试？”碇真嗣说完便掏出手机，“算了吧。”上条突然开口。
绫波丽、碇真嗣和明日香看向上条，“美里姐今晚不会回来，或许明天也不会回来。”“你怎么知道？”三人同时问道。“我在今天中午接到美里姐的电话，她说她有很多工作要做，一时半会儿脱不开身。”
“这样啊，那咱们就先吃饭吧。”碇真嗣和上条对视一眼便同时走进厨房，两人边做菜边小声交谈。绫波丽没有多想便回房间做作业，而明日香却微微皱了皱眉并盯着上条与碇真嗣的背影。
她既不像碇真嗣那样无条件信任上条，也不像绫波丽那样单纯地依赖着上条。她是个很聪明的女孩，她似乎从上条的话里感受到一股不同寻常的气息，那是一股充满危险与阴谋的诡异气息。
她拿起手机打给加持良治，但却也没有打通。明日香看向厨房的那道身影。
“当麻，你到底知道些什么？为什么要瞒着我、笨蛋真嗣和洋娃娃呢？”