魂导战车师团编制三千人，九人一车，共计三百辆一型魂导战车，剩下的三百人为后备与后勤，后期补充魂导皮卡为装备，用于辅助主力战车和追逐小股敌人。
十车一个单元，十个单元为一单位。
魂导战车成员分工：一名魂导车长（指挥判断），一名驾驶员（开车），两名观察员（炮手），一名通讯员（字面意思），两名驱动手（战车充能），两名卫守（魂导护罩充能）
魂导皮卡分工：两驾驶员，两连发射线射手
综合型魂导师师团编制五千人，分为五个团，每团一千人，主要为一个战车团，一个空中团和三个常规团。
魂导重炮团编制一千人，七人一门炮，共130门炮，双管两用魂导炮。
一炮长，一观察员，一整修员，两炮手。
90个替补。
天使军团共五百人，第0作战单位，清一色魂圣以上魂师，一位魂斗罗与二十四位魂圣一组，千姓教皇直属部队。
轻型魂导师师团，编制共一千五人，分为三个团，三环以下的魂师，经过日月大陆补充，总计六十个师。
配备两件魂导器（魂导射线和魂导短剑）
裁决军团（原第一魂导师军团，），后拆分为圣骸师，圣剑师，圣盾师，圣翼师与武魂城卫戍炮团（后被合并）。
其中，圣骸师与圣剑师是魂导战车师团，而圣盾师和圣翼师为综合型魂导师师团。
圣盾师在与天斗开战后不久，与教皇仪仗队圣皇骑士团合并，更名圣裁师，负责监察仆从军和占领区的纪律（类似宪兵）
原武魂城的圣殿骑士团（与空艇部队合并为近卫军），护殿骑士团（与情报机构合并为殿卫军），神圣骑士团（与武魂城卫戍炮团合并为护卫军）
最后登陆作战的第十魂导师军团编制大致不变，但是其魂导战车师团的主力战车已经更新为二型。
攻占天斗时，东线的地形复杂，不适合发扬魂导战车优势，所以，在战前，原本东线的大部分魂导战车师团与西线交换了综合型魂导师师团。
西线开战时共有十四个战车师，占领天斗城后，各个作战单位各自回到自己的编制。