通常情况下由人类担任，但在一些极为特殊的情况下也会由舰娘担任：如港区条件过于危险或是不适宜人类居住；在这种情况下，担当指挥官的舰娘便拥有实际意义上指挥官的权力，包括控制港区的运行、外交与制御环，也可以与其他舰娘签订契约。