同年7月，疫病已经进入伦敦内城区，时任英王查理二世连忙带同家人和宫廷逃到牛津郡避难。虽然如此，伦敦市市府参事(the aldermen，地位仅次于市长)和其他主要当局官员都选择了谨守岗位，伦敦市长罗伦斯先生(Sir John Lawrence)本人亦决定继续留守在城中。当时伦敦市面上的绝大多数商业活动陷入瘫痪状态，因为富商们和各行各业的职人都已经纷纷撤离;只有少数品格高尚的牧师、医生和药剂师愿意留下来，在疫症肆虐的整个夏天里协助其他民众生活。决意留下来与城市共患难的民众里面还包括了日记作者塞缪尔·佩皮斯(Samuel Pepys)以及住在东伦敦的马鞍匠亨利·佛尔(Henry Foe):佩皮斯在他的日记簿里面记下大瘟疫时期伦敦生活的点点滴滴;而佛尔的外甥恰巧是《鲁宾逊漂流记》作者丹尼尔·狄福(Daniel Defoe)，他在1722年推出的纪实小说经典《大疫年纪事》(A Journal of the Plague Year)便很可能源自当时亲历其境的科尔舅父的手稿。
虽说疫情主要集中在伦敦市，但亦渐渐影响到英国的其他区域，最有名的例子包括打比郡的小镇亚姆。有争论指，瘟疫是在1665年8月跟着来自伦敦的衣料商人抵达当地的。村民们当机立断，随即自行实施隔离，断绝所有对外的运输往来和接触，以阻止这种疾病进一步蔓延，由于这做法收效良好，最终鼠疫的传播迹象在亚姆的周边地区开始减缓，没有再进一步向北侵袭。可惜的是亚姆本身却付出了惨痛的代价，村内75%左右的居民死于该场瘟疫之中。
伦敦区的鼠疫个案也没完全停下来，而是继续零星地出现。直至1666年9月2日的伦敦大火摧毁了伦敦市中心的大部分地方，持续了4日4夜的漫天大火连伦敦地标圣保罗大教堂也烧掉，大约在同一时间，鼠疫疫情亦告彻底消失。但普遍认为这只是一个偶发的巧合，鼠疫的灭绝与那场大火并没有直接的关系，因为它在火灾前就已经有绝迹的趋势;而且持续的零星个案都发生在伦敦的郊区地方，与受火灾影响的市中心位置并不吻合。
（资料来自百科）
关于亚姆村：
在伦敦北边德比郡，有一个叫亚姆村的一个小村落。这个村落处于英格兰岛的中部，是南来北往的交通要道。在1665年的一天，伦敦出来了一个布料商人来到这个村。跟这个布料商人最多的当然是裁缝一家，很快这一家四口被染上了鼠疫。两三天之后这一家人高烧，然后皮肤溃烂死亡，因为鼠疫死亡率很高、而且非常快。
接下来的几天，村上很多人相继发热，染上了鼠疫。就在几天之后，村里人也得知在几百公里之外的伦敦爆发了大规模的鼠疫。这个时候全村的人感到惊恐，他们决定向北撤离。就在这个时候，一个叫威廉的牧师站了出来，召集全村人开会，经过讨论全村的老幼做出了一个悲壮的决定，他们决定放弃北撤。因为他们知道，只要他们北撤会把瘟疫带到英格兰的北部去。如果他们留下来，有可能阻止这场大规模的鼠疫向北扩散。然后他们做出决定之后，派了几个身强力壮的年轻人把那条南北往来的交通要道封死，然后再去村的四面八方用大石头离了界碑。就是村子竖了牌子，不让人进来。然后所有的村里的村民，老人、父母、孩子，带上食物、带上水到地窖里边爱，把自己隔离封闭起来，不断的有村民很快的死去。周边方圆数里的村庄都听说了这件事情，他们非常感动，十里八乡的善良的民众给他们送来水，送来食物和药品。但是亚姆村的村民表示拒绝，他们竖了个牌子，最后说你们要送来的食物和药物都远远的放在村口的围墙上，他们去拿，避免和其他村的人有任何的接触。
一直到1666年的8月，在亚姆村的村民自我隔离了400多天之后，随着感染者的死亡，鼠疫结束了。而全村344人当中只有人幸存，而且70人当中有33名16岁以下的孩子。所以亚姆村的村民为阻止瘟疫的传播付出了生命的代价。直到10年之后，英国当时的国王查理二世才从一个女仆的嘴里听说这个故事。一直到1950年英国的教科书才记录了这段悲壮的故事。
（资料来自网络）