下定决心的贝露缇亚，决定相信玄夜·巴洛威尔。帮助她解决了水之都的帮派冲突，海龙团成功统一水之都。

之后，事情的真相也浮出水面，原来那场宴会上的血案其实是由两个不同的暗杀组织制造出来的。

其一就是暗鸦帮，他们的首领有把柄在奥古斯都手里，所以被奥古斯都强迫着对宴会参与者发起屠杀。目的是重挫赛利亚·菲林诺的锐气，令她知难而退放弃参加继承人考核。

但杀死赛利亚本人的铃却是新月众的成员，她身上有两个任务，其一是杀死最后的龙骑士贝露缇亚，其二是杀害赛利亚·菲林诺。

其中暗杀贝露缇亚的任务的委托人是约翰逊副会长，他是拜龙教的卧底，十二使徒之一，也是他故意把龙晶项链给了双子之中的哥哥，引发了布里吉亚要塞袭击事件。

而暗杀赛利亚的委托人不是别人，正是她的亲生儿子屋大维。屋大维受够了母亲的控制，并且对帮助过自己一次的贝露缇亚暗生情愫，听到母亲已经替自己安排了婚约之后，一气之下动用了亲生父亲也就是伟大之翼老会长留给自己的遗产：最强暗杀组织新月众的契约书，招来小铃儿杀了自己的母亲。

得知真相之后的贝露缇亚收复了小铃儿，但屋大维却被约翰逊变成了龙祸种。贝露缇亚同时与菲娅和小铃儿契约，用冰火两重天形态将其击杀。

屋大维临死之时向贝露缇亚表白，被正面拒绝之后笑着无恨而终。

奥古斯都的罪行被曝光，锒铛入狱。

菲娅将公会让给凯撒，自己则带着女仆们离开金翼城建立自己的公会。她顺便带走了公会回收的飞行船的残骸，找到矮人龙姬欧诺姆·岩拳将其修复，打造出了属于自己的新型飞行船。顺带解决了矮人族的危机，贝露缇亚收复欧诺姆。

之后主角团开着飞行船满世界收复龙姬，在即将集齐龙姬之力的时候，反派盟主带队登场，炼金大贤者暴露出了真身，就是菲娅的父亲杰维斯。菲娅见状陷入暴走状态，毁灭了一整个城市。

此时菲娅的真实身份也显露出来，原来她不是普通的龙姬，而是世界意志的化身。这个世界就是一枚巨型龙卵，一旦孵化就会成为吞噬平行宇宙的巨龙。所谓的龙族都是世界意志的分身，龙姬则是换了一种形态的结果。而菲娅就是世界本体的化身。

一旦菲娅完全觉醒，她就会从卵中彻底孵化出来，世界也将毁灭。反派盟主的目的就是促进她的觉醒，好征服整个平行宇宙。

于是乎贝露缇亚就面临一个两难的抉择，是守护世界还是守护自己心爱的人？她还没有做出决定，菲娅就黑化了，扬言要毁灭世界完成觉醒，实则是故意演戏逼女主杀死自己。

女主识破了她的演技，并且运用全龙姬之力与菲娅意识融合，陪伴他陷入场面，在此期间其他龙姬则努力寻找不用毁灭世界也能与菲娅共存的方法。

几千年之后，女主和菲娅终于从长眠中苏醒，迎接她们的是新的世界与容貌未改的各位龙姬们，HAPPY。ENDING。