黑混沌去保护赤木律子，而玛娜和马哈德去作战大厅。万一敌人来个斩首行动就遭殃了，当然众精灵执行任务之时都是隐身状态。
上条按照系统提供的路线暴掠而去，一路火花带闪电的冲上了第二层。地图显示明日香就躲在前面的一个房间里，上条转过一个路口时却发现一队敌人。
有五个人站在明日香藏身的房间外，似乎已经发现明日香的踪迹！
上条一个落地，在地上打了个滚后喝道：“住手！”敌人顿时全都看向上条，一阵子弹瞬间就招呼过去。
上条双手一推后金色八边形屏障瞬间出现。子弹打在上面后纷纷掉到地上，敌人见状瞬间脸色大变：“这是…AT力场？”然而上条根本没给他们反应的时间。
右手一抬，一把黄金武士刀立马出现。“死吧！”上条爆喝一声便瞬间冲到一个敌人旁边。“拔刀斩！”那敌人只来的及捂住脖子就倒了下去，一刀，见血封喉！
剩余的敌人都吓傻了，上条趁此机会，直接举起武士刀舞动起来。空气中闪过道道金光和一片血花，等上条停手时地上已躺了五具尸体！“没事了，明日香。”
明日香听到上条的声音才敢出来，刚出门就看到这修罗地狱！她忍不住直接吐了，上条一看便上前安抚明日香。“你为什么要杀他们？”
“因为如果我不杀他们，他们就会杀了你！”上条坚定地道：“我说过，你由我来保护！”明日香听到这话，俏脸上不自觉地露出一丝微笑。
上条一把搂住明日香的纤腰，还没等她反应过来，两人就直接飞了起来。因为她的原因所以上条飞得慢了些，明日香俏脸通红，想说什么但又说不出来。
她不自觉地抱住上条，呼吸有些急促。另一队人在他们离开后不久来到这里，看着眼前的场面，所有人都咽了一口口水。他们心悸不已又双腿发抖。
上条和明日香不知道是不是幸运值点满，一路上居然再也没遇上敌人。很快，两人就抵达了二号机的停机舱。明日香先找个没人的地方换好战斗服，两人再手忙脚乱地打开插入栓，等明日香跳进去的时候，上条拨通了葛城美里的电话。因为他们使用的是内部线路，所以就算卫星的信号被掐断了，只要有内部网络就还能用。
跟葛城美里简洁的交谈了几句，上条对明日香说：“美里姐马上把你从五号弹射口弹出去，出去之后就是地底湖了。”明日香严肃地一点头：“明白。”
“明日香，记住我的话。能打就打，打不过就跑，这次他们会派量产机过来，千万不要逞强，我和真嗣一会儿就上去帮你。”上条看着少女，心底有些沉痛地道。
明日香只把这当做一句普通的关心话：“这些情报我早就知道了，等你们上来的时候，我可能已经解决战斗了。”上条转身跳下二号机，完成最后的准备工作后移至发射台。“发射。”发射台固定器打开，二号机猛地进入了弹射轨道。上条忧心忡忡地看着她离去的背影，转身便飞向初号机的停机舱。但手机就在这时响了。
“美里姐，怎么了？”“上条君，真嗣被困在三层的B区了。那里已经被敌人完全包围，我的人过不去，真嗣被发现只是时间问题了！”“我明白了。”上条一脸凝重地挂断电话，“系统，给我最近的路线，另外随时报告明日香的战况。”“好的，这次不需要积分。”上条像金色的闪电一样朝碇真嗣那飞去，途中听着明日香的骄人战绩。
除了那句“脐带电缆被炸断，备用电源只能坚持五分钟。”上条一惊，飞行的速度更加快了。第三层，碇真嗣被敌人发现后看着四支黑洞洞的枪口指向自己。
他吓得脸色苍白如纸并一屁股坐在地上，连求饶都忘记了。队长拿着对讲机：“报告，确认发现EVA驾驶员，是第三适格者，完毕。”“收到，就地枪决，完毕。”
“第七小队收到，完毕。”队长说完就拔出手枪并指在碇真嗣的脑门上：“别怪我哦，小鬼。”突然，一阵破风之声响起，随着一声：“住手！”的话语，队长被一道身影直接踢飞，直接撞进了墙里并生死不知。上条刚一落地便显现出武士刀，一招招杀人剑法不断朝敌人袭去。等两人离开的时候，地上已是血流成河！
忽然，“主人，大气中检测到高能反应，是N2炸弹。”随即就是“轰”的一声，地表上的第三东京市的旧址完全消失了。NERV的地下世界第一次完完全全的暴露出来。
“可恶，量产机来了吗？”上条一把抓住碇真嗣就疾速飞往三号机的停机舱，与此同时，二号机正与九台只有吃人大嘴的量产机对峙。“EVA量产机，果然…来了。”
每台量产机都有一把笨重的双刃巨剑做武器，但实际上都是朗基努斯之枪的仿制品。“明日香，一定要全歼所有的量产机，上条君和真嗣马上就到。”
葛城美里道。二号机内，明日香的目光依次扫过这些量产机，深吸一口气便露出自信的表情：“备用电源还剩三分半钟，也就是说一台只能用20秒。”
“足够了，三分钟内解决战斗。”随即明日香娇喝一声，二号机直接冲向其中一台量产机。一只手抓住它的脖子，另一只手抓住它的胯部，一下把它举了起来。
紧接着，二号机猛一用力，硬生生的把这台量产机掰成了两半。鲜红的血液好似红酒一样洒在二号机的身上，“干杯。”明日香笑道。同时上条也收到这条讯息。
上条非常担心，只有三分半钟活动时间的二号机是无论如何也打不过搭载了S2机关的量产机的。不过还好，此时两人已经抵达了三号机的驾驶舱。
虽然系统报告的战况是明日香不断干掉量产机，可是上条心里清楚，搭载了S2机关的量产机是不可能如此轻易就被打败的。明日香看似胜券在握，但其实已经走到了悬崖边上，如果碇真嗣和上条再不及时支援的话，那么等待她的命运就只有一个…上条不停地看着手机上的倒计时。
在碇真嗣进入三号机后，时间只剩下最后的一分半钟。“还好，还来得及，来得及。”“美里姐，赶快让三号机弹射出去，明日香已经没有时间了！”
刚接上通讯，葛城美里说的话却让上条大惊失色：“敌人炸毁了你那边的电力供应，无法进行弹射作业！”“什么！”上条挂掉电话，脸色阴沉得可怕。
“怎么了大哥？”碇真嗣看到上条的脸色担心道，“真嗣，拜托你跟美里姐说一声，接下来就对不住了！”于是碇真嗣一脸惊愕的听到上条的一声怒喝…
“初号机，启动！”