然而，伴随着他们的，还有人类那不断膨胀的野心和欲望。在表面风平浪静的世界格局之下，历史在暗流涌动。
终于，未知的敌人在海洋中出现，面对敌方压倒性的战力，各个阵营却仍然各自为战，最终换来的结果亦是惨痛的：人类失去了90%以上的海域控制权，科技和生活水平急速倒退。
至此人类对于海洋以及未知的敌人产生了深深的阴影，并且将那些将他们拖入深海黑暗之中的怪物称之为『塞壬』，而那段历史被命名为黑暗纪元！
数十年之后，各大阵营为了夺回曾经的辉煌，终于摒弃前嫌，联合创建了第三方军事组织『碧蓝航线』。
碧蓝航线的宗旨在于：集结并共享来自来自世界各大阵营的科技与资源，建造出能够与塞壬抗衡的新锐部队：舰娘。
这些诞生于人类历史记忆中的战舰精灵，现在又回来帮助人类，夺回海域的控制权。逐渐，在这些精灵的帮助下，人类一点一滴在世界上再次站稳脚跟！
但是好景不长，于新历35年，这颗水蓝色的星球再次迎接来了一位特殊的天外来客：一个从星空中陨落下来的特殊巨大的水晶石。
那天夜，一颗流星划破天空，向海洋坠落，但是它并没有沉入海底，反而悄然临立于海平面之上，随后水晶石内散发出一种紫色的雾气，而这片海域的统治者正是人类一生之敌塞壬。
天外水晶到来，惊动了名为塞壬的存在的黑化舰娘们，但是同样给塞壬们带来意外的惊喜：天外水晶散发出来的紫色雾气竟然能够强化各类型塞壬，甚至会将无意识傀儡非人形塞壬转化为人形智慧塞壬，对此塞壬阵营喜开颜笑，立即决定将大部分部队，迁移至于神秘水晶左右。至此塞壬阵营实力大幅度强化，而后人类阵营却曾一度抵挡不住塞壬阵营的攻势！但是塞壬却从来没有发现神秘水晶周围，竟然没有存在过一次活着的生灵！
新历37年，人类在塞壬的攻击之下，节节败退，但是此时神秘水晶也开始了行动！
一天从神秘水晶中诞生了一种奇怪的生物：那是一种体型小的飞行类怪物。移动速度快，而攻击方式，是从远处寻找机会并快速接近进行近战攻击，那个是突进级崩坏兽！
起初塞壬对这种生物还抱着善意以及好奇，但是很快塞壬们后悔、恐惧。因为它们，那些怪物正在啃食塞壬，或者说它们竟然是以塞壬为食！
事情到了这个地步已经是无法挽回，在高层的塞壬旗舰的指挥之下，塞壬对着这种生物发动了攻击，并杀死了它们。
正当塞壬们松了一口气，铺天盖地的突进级崩坏兽喷涌而出，那密密麻麻如同蝗虫一般突进级崩坏兽们，它们摧毁了、撕裂了以神秘水晶为方圆千米的所有生灵包括塞壬。
新历38年，另一支塞壬在其旗舰的带领之下，组成无数横纵方队，向崩坏兽发动了攻势，成千上万的轰炸机在空中呼啸而过，而无尽的炮火一刻不停，强大的火力一遍又一遍的碾压在突进级崩坏兽的身上，而崩坏兽们却没有坐以待毙，它们不畏生死的一次又一次发起了冲锋，但是在纵横交错的火机网中，它们终究还是倒下了！
虽然塞壬获得了这次的胜利，但是凡是拥有智慧的塞壬们，都不禁胆寒，她们终于体会到了人类和塞壬作战的体验，因为谁都不想和这些不畏生死的怪物作战，却又不得不对抗！
突然空中轰炸机在警报，雷达中出现了一种全新的巨大生物，它们一手持着巨大的盾，一手拥有着一根巨大的矛，最重要的是它们也会飞！
“全体都有，集中火力，开火！！”塞壬旗舰只能再次指挥，此次唯有一战！
成千上万的轰炸机再次起飞，而无尽的炮火再次响起，强大的火力再次一遍又一遍的碾压在崩坏兽的身上，但是这次不同的是，圣殿级崩坏兽们挡下了一切攻势，并快速的推进！而塞壬的攻势只能给无尽的崩坏兽们带来那微不足道的水花，随后全军覆灭！
新历39年，崩坏兽主动出击，塞壬节节败退，同年九月，崩坏兽登录陆地，与人类交锋，人类败！
新历40年，在崩坏兽的巨大压力之下，人类与塞壬结盟，人类中的舰娘指挥官：提督，可以通过心智魔方同样从广阔的的思念海中召唤出同样拥有智慧的塞壬舰娘们！
新历41年六月一日，神秘水晶再次震动，西琳小姐正式苏醒！
“！！系统，这就是塞壬和人类联手的原因？？不是我西琳小姐想说你，这个是怎么肥事？我西琳小姐怎么又成了全民公敌了啊！告诉你多少次了，我不是大菠萝，也不是faker，等等好像这个魔王不是那个魔王，算了，不管了，再重申一次，我！西琳小姐！没有兴趣毁灭世界！！”
西琳小姐不满意的双手重重拍在桌面之上！
怎么肥事，我西琳小姐是那种毁灭者吗？我是救世主，救世主你懂吗？雅典娜你知道吗？就是那种又美丽又有智慧的女王，身边还能够时不时的拥有小姐姐，开后宫、发狗粮的那种！但是现在呢？现在搞得我西琳小姐名声扫地！
“宿主请您稍安勿躁，因为宿主身上的崩坏能的进化，不知不觉得感染了周围的生灵，让它们形成了崩坏能护卫：崩坏兽，这并不是系统有意安排的！”
“我！我！我！！呼！呼！呼！世界如此美妙，我却如此暴躁，不好！不好！”
不能生气，千万不能生气啊！！西琳小姐，千万不能上这个坏系统的当，一定要冷静，自己的主线任务还在系统手上，冷静，等完成任务后再打爆这系统的狗头，那也不迟！
“好！！系统，快给我主线任务！！”
“了解！主线任务生成中…”