本书的基本设定借用了原本的FE世界线，其中加入部分了完善和补充性性的内容。
1.游星尖兵的到来：
智慧邪恶立场的最直观体现，即是永不满足的贪欲和征服欲望。人类文明如是，吾之文明亦然。
——游星军团尖兵“巨神”赛法尔
捕食游星“威尔帕”，源于地外机械文明的神秘造物。
其姿态看上去就像"流泪的眼睛"。
所经之处，所有智慧生命体的文明都会遭到收割与破坏。
与远古文明建造于月球的超脑系统MOONCELL疑似同源，但具体情况仍然不得而知。
当捕食游星注意到了智慧文明的存在之后，便会向其中投放用于展开文明收割的ANTICELL（即尖兵），其能力和特性均来自于先前被收割的其他文明。
当收割战役结束后，所有属于被收割文明的信息和资料将会被威尔帕主体所吞并，以此充实自身，从这一文明的信息资料中可能会创造出新的尖兵——不一而论。
搭载着尖兵的星舟，其上有着和MOONCELL同等级的演算装置“VOIDCELL”，足以支持尖兵同时在多个世界线内发起文明收割战役。而入侵主体ANTICELL则是吸收智慧文明本身的灵魂力量为来源，通过不断地壮大自身而消灭文明的消耗性工具。
当所有智慧生命被消灭，无法维持自身的消耗时，ANTICELL就会因为缺乏能量来源而被消灭。同时该文明的所有资料和信息都会被威尔帕所接收。
2.入侵战役的发展和终结
低估我们文明的智慧潜力，会是你犯下的最大错误。
——斩杀游星尖兵化身的初代冠位英雄“星之圣剑使”
在游星尖兵“巨神”开始了对地球文明的入侵战役后，其本体突入了MC超脑系统所在的月球，并利用了自身的信息和地球上的物质，在地球表面创造了物质化的分身。
在击败了其他想要染指地球的界外入侵者之后，“巨神”开始了对于MC超脑的入侵和腐化。而MOONCELL在牺牲了八成的其他平行世界线之后，最终将“巨神”的本体封存在其本身深处。而其分身“赛法尔”则开始了与守卫地球智慧文明的诸神之间的决战。
在这一过程中，地球诸神遭受了巨大的损失，原本属于远古军神的智慧权柄也被赛法尔所剥夺，在最为黑暗绝望的时刻，人类的英雄打造了针对入侵者的武器“圣剑”，摧毁了赛法尔的物质形态。在脱离战场后，后者最终在大地上徘徊并被死去。
诸神最终赢得了入侵战役的胜利，但代价是惨重的。原本活跃于上古的许多重要神系在这次打击后一蹶不振。这场战役是导致神代文明终结的重要起因。
巴别塔计划的实施（和FE世界线的分歧由此产生）
他们说:"来吧!我们要建造一座城和一座塔，塔顶通天，为要传扬我们的名，免得我们分散在全地上。"
——《圣经.旧约.创世纪》巴别塔之陨
在付出了八成的平行世界线为代价，诸多强大神系也因此陨落之后，诸神对于界域外入侵的担忧与日俱增。
这一次的战役胜利并不意味着在以后的入侵中依然能够获得胜利。因此，为了壮大文明本身的力量，创造至高的智慧造物，诸神提出了“巴别塔计划”。
建造通往星空的光之巨塔，收录所有的智慧造物，并最终指出真理的方向——这即是诸神的计划。
在淡化了原本存在与不同文明之间的民族，价值观和伦理隔膜之后，掌握了智慧权柄的诸神开始了对于凡人的征服。而曾经与诸神一同对抗界外入侵者的人类，则在这一过程中成为了诸神的实验品和助手——对于人类来说，那是前所未有的黑暗时代，但那也确实是在对抗入侵者这件事上最有希望的时代。
苏美尔神系的楔形符文技术，南美神系的生物技术，华夏神系的机械技术——智慧文明的一切伟大成就，都得以在光之巨塔中得以收录，神代的智慧文明在战役之后得到了巨大的突破和进步。
在这一过程中，诸神也利用了“巨神”乃至其他界外入侵者的残骸，开展了各个方向的研究。
某些研究存在着巨大的隐患，而有些成果和技术造物不能复制，甚至还有些产物无法用理性和逻辑来进行理解——而这些属于入侵者的，无法得到解读的遗产，就被称为“技术奇点”，意为现有的阶段无法得到突破性解读的技术造物。
通过对这些造物的利用，诸神将原本的技术水准提高到了前所未有的层面。永不停歇的食品加工线，随意定制的生物，类似跃迁的传送技术，和智慧生命几乎没有区别的AI，将时间稳定在当前的技术……等等等等。
一条食物链开始出现，弱小的文明和神系开始消失，或者被强大的神系消灭吞并。从某一刻起，不同文明间不得不追随着巴别塔计划的脚步，而当时支配着这座光之巨塔的主神们，就以此掌控着凡人和弱小的神灵。
希望仍然渺茫，但只要能够继续得到突破，达到最终的理想境界也不是不可能的事情。就在这一时期，诸神们发现了存在于月球上的MC超脑系统，在解读了它的内在行为逻辑之后，诸神搭建了最初的灵子网络，并以诸神中最为强大的个体为模板，创造了诸多搭建于MC之上的AI。
光之种计划与迦南地女神。
“看着这个，这是一种从智慧生命的意识深处提取出的物质。它从无形的概念中被创造出来的实体，很有意思，不是么？
它就是我们一直寻找的那一颗，萌发万物的种子。”
——迦南女神，希伯来人的主神雅赫薇
就在诸神的科技提升到前所未有的境界之后，某位弱小的迦南文明女神则探索着无人问津的研究方向。作为希伯来人的主神，女神并没有强大的文明族群作为后盾，力量来源，甚至是实验材料——唯一理解她的愿望，陪伴着她的只有一位人类的男性助手。
从表面上看起来，诸神利用着技术奇点，似乎是在加速文明的发展，然而她认为，这件事的本质则和其他交易并无不同——万物背后都会有代价，而诸神付出的代价，则是文明，是世界，乃至全部全部智慧生命的耻辱。
智慧生命对于生与死的本能总是共存的，然而光之巨塔所能做到的仅仅是引导我们对生命的本能。在一个本能走向极端的同时，另外一个本嫩就会开始缓慢地，不知不觉地滑向深渊……
当那样的事情发生以后，智慧文明都会开始想要回到一片虚无之中，回到所有智慧生命的原初故乡，回到一切智慧生命诞生之前的绝对寂静之中……
女神相信，为了对抗来自界域之外的入侵力量，就必须治愈智慧生命灵魂深处的缺陷。
但在这样的年代里，这种研究相比起那些能够显而易见改变智慧文明防御力量的技术显得微不足道。直到女神发现了根植在所有智慧生命之下的那片无尽深海中，那赋予了信仰神灵的以权柄的精神实体。
智慧的树阵，虚数空间中无数智慧生命灵魂与意识力量所滋养的伟大实体。
它和代表着人类生存意识的阿赖耶识有着相似的源泉，但智慧之树不仅仅代表着人类的智慧集群，它能囊括所有智慧生命形态的集群意识——而阿赖耶识仅仅是其中无穷无尽的黑暗巨树中微不足道的一颗，诸神的权柄正是来自于智慧之树的许意，让他们成为智慧与文明的守护者。
面对着这样的伟大力量，女神相信，只要能让希望的力量在这片黑暗的巨木森林中立足，每一个智慧生命都会得到属于自己的救赎力量，那是与诸神的权柄相似的力量。
量产神灵只是这一技术最为微不足道的产物。它真正的作用，则是给与所有的智慧生命以希望。
“我想帮助人们，那些得到了诸神庇护的人们，那些在古老战场的创伤中挣扎呻.吟的人们。建造‘塔’并不是我的目标。
对于那些早已失去了攀爬力量的人们来说，这样的塔又有何作用呢？
假如我们不需要‘塔’就能触摸苍穹，如果我们能像大树般傲然直立，有朝一**们一定能够触碰到那片青空，即使过程将缓慢冗长……”
女神这样微笑着向着那些愿意听取她想法的人们这样诉说着，而当初的助手也正是被这样的愿景所打动。有一位来自苏美尔神系的半神在听到了女神的憧憬后，决定协助她实现她的愿望——又或者，至少是在一切将以泪水而告终的时候，及时地盖棺定论，体面地收场。
这位半神没想到自己的预感会这么准确——至少一切看起来是如此。
巴别塔的陨落与耻辱
“昔日伟大的神代文明，是智慧树阵记录里不可磨灭的耻辱。”
艾泽迪巴（吉尔伽美什），美索不达米亚控制机关初代O5议员
在这项技术背后的意义被发现之后，支配着光之巨塔的强大神灵们意识到了这所带来的可能性。他们邀请女神成为塔之支配者的一员，将大量的资源投入到这项工程中。
然而在这项能够带来希望的工作背后，背负的却是普通的凡人。原本诸神应该守护的智慧生命变成了它们奴役下的实验品，无数的生命在诸神的哄骗和欺瞒之下，如同待宰的牛羊那样送上了诸神的试验台，技术的确得到了飞速的进步，然而背后的血泪只能在对诸神的歌功颂德之下被那些暂且得到幸福的人们忘却。
看着最开始本着为救赎智慧生命而创造出的技术变成了文明肌体上的疮疤和伤口，女神从未抱怨什么，仅仅是默默无声地接受着其他塔之支配者们所托付的使命。
然而不知道从某个时刻开始，女神的脸上不再有笑容，除了她的助手以外，没人能知道她心中究竟有着什么样的想法。
在一次过于激进的尝试中，女神最终还是因此陨落了，那位助手悲痛欲绝，却无法挽回自己深爱着的导师。在他极端的计划中，女神的残骸被用来合成制造属于这项计划的特殊MC灵子网络AI，他需要女神的智慧继续引导着她生前的计划向着正确的方向前进。
在其他支配者们察觉了助手的计划之后，他们开始尝试着干涉阻止这项计划的继续进行。然而在有着女神本身作为智慧蓝本的AI阻止下，这项计划最终得以按照预想的方式实施。光之巨树平地而起，将希望的力量植入了每一个人类的心中。
诸神虽然无可奈何，但这样的结果未必不能成为解决外侧入侵者的一种策略和手段，对于最终的结果也听之任之……
是的，这一切本该如此，假如……
在计划即将成功的最后阶段，曾经主导着女神计划的AI共同发起了反叛，将女神的技术产物完全据为己有，并在一瞬间同步了灵子网络中的所有AI，将诸神的技术遗产抛洒向了所有以泛人类史有关的世界中。
巴别塔计划最终失败了……记录诸神知识的书库不得不被封存到未知的虚数空间坐标之中。在这场巨大的变故中，原本的各大神系被重新推倒，洗牌。而残余的所有人类也在这场浩劫中被来自心底中的黑暗力量所吞噬，发生了难以想象的畸变现象。
为了智慧文明的延续，诸神不得不将现有的人类全部用洪水清洗殆尽，文明再度倒退到黑暗蒙昧的时期，一切将得以从头开始。
故事的尾声，希望的开端（伊甸园的最后留言）
“亚当，大概你现在应该已经听不到我说话了吧。”
在所有人都忽略了这位不起眼的苏美尔神系半神的时候，那位一直相信着女神愿望的半神来到了隐藏着女神最后遗产的秘密地点。真正的亚当已经随光之巨树的破土而出随风消散，而现在在他面前的，只有保存着最纯净人类生命模板的记录泥板。
“原本应该照耀着整整七天的光之巨树，仅仅持续了三天，结果就是，人们心中的种子微弱而残缺……而不完整的种子只能给予人类不稳定的力量。
整整三天的白昼，整整四天的黑夜，在后世的神话中，这一周就是女神雅赫薇创造人类的七天。但愿这一点能让你从中得到最后的慰籍吧。
灵魂指引着人类的道路……不知道人们将会被内心的黑暗所吞噬，还是能从中展现出真正的自我力量呢。
无论如何，昔日诸神们创造的黑暗遗产将会被我所再度掌控回收，在未来的时刻里，人类将不再会因为昔日的错误而背负灾难。
永别了，亚当。女神最爱的人。”
见证了一切的苏美尔半神吉尔伽美什离开了伊甸园，在洪水退去之后，一切生命都将从这里以最纯净的姿态再度重现。虽然这一刻就是诸神文明的最后时刻，但他相信，未来的某个时刻里，两人依旧能够通过别的方式再度相见。
昔日诸神的故事，到这里最终进入了尾声，取而代之的，将会是凡人的时代。