异形军（ネウロイ（异形の军）） 1939年突然出现在世界各地，真面目与目的皆不明的谜样军队。 外形如同飞机或陆上武器，具有一瞬间破坏大型建筑物的压倒性攻击力，散布的强力瘴气让一般士兵只能以远距攻击对抗。大地一旦遭瘴气覆盖，金属将被吸收殆尽，它们利用这些资源进一步生产武器，这些土地则再也不适合人类居住，导致数个国家濒临毁灭。所幸它们厌恶渡水一事，人们便以河川、海洋作为天然防卫线，竭力抵抗它们的侵略。 种类从小型到极大型都有。具有同化四周金属、自我再生的能力，因此一般武器难以将之破坏。弱点是魔力类型的攻击，附加魔力的子弹、刀剑，可以减弱它们的再生能力。利用这一点，研发尺寸适合步兵携带的兵器（例如机关枪），由魔女们进行魔力攻击，便能给予百分之百的伤害。只要破坏异形军所谓“核”的关键部份，便能使其无力化、崩解。 小说版中似乎具有学习能力，逐年改良、大型化，最后甚至出现“仿魔女异形军”。此外，小说版的攻击方式为实弹，动画版则是雷射光束般的光学武器。 关于异形军的目的，小说版中被描写为单纯的“侵略”，动画版在1939年出现“巢”时并没有任何动作，直到人类派遣战斗机飞入巢中，才以兵器反击、开始侵略行动。与芳佳接触的仿魔女异形军，不但主动出示自己的核，还和平地让她进入巢中；对于明显保持敌意的坂本，则毫无迟疑的进行反击。基于以上事实，异形军可能并非单纯为“侵略”而行动。