仿佛是活着的，不，应该说的确是活着的，拥有超人的智慧和记忆能力，能够自己思考，使用包括太阳能在内的多种能源来维持活动，还有超乎想象的力量，甚至拥有感情。接近人类？不！是超越了人类！比人类更加优秀，不会生病，拥有接近永久的生命，能够24小时不停的工作，人类担心着，担心是否会有一天，世界被这些兵机统治，害怕是否有一天，自己将死在兵机的拳下。
然而，这个担心成为了现实，经由名为sigma的那个怪人博士的手，在RM0422年，sigma发出sigma病毒，将所有的兵机都归于自己的统治，并且将自己改造成了世界上第一台虚兵机，不是人类，也不是兵机，而是在那之间的虚兵机。为了使得自己变强，所以模仿比自己强的存在，但是无法改变自己的本质，所以变成了这样半吊子的存在，但是即使是半吊子都比纯粹的吊车尾要强很多，所以，不论是从哪一个角度来说，sigma都是占了上风，除了一开始的人类和兵机的比例差异之外。
如果非要形象一些的说明，那就是如果要让兵机完全消灭人类，那么一台兵机所需要对付的人类的数量是一百万人，比例是一比一百万。这个巨大的数量差距让人们对于这场人类与兵机的战争的看法有了相当积极的想法，是的，一百万人对一个兵机，无论那个兵机再怎么比人类强壮，但是在这压倒性的人数下，一个兵机的存在实在是过于渺小。
这样的天真的想法在RM0442年的时候就被彻底消灭了，因为那4个传说中的兵机的出现。爆裂之炎铳——斗将fiend，艳冷的冰枪——妖将namiya，迅风之魅杖——影将squall，怒岚之雷刃——贤将thunder，四天王，sigma创造的最强的兵机。仅仅是因为这4台兵机的介入就使得整个战局发生了压倒性的变化，人们不再认为能够胜得过兵机了，因为要是以这4天王为对手，别说是一百万人，就算是一亿人都不会有任何意义，非一般的强大，超越了常识性的存在，于是人们就用等级将兵机们划分，分出了LV7以上的兵机为神能兵机，那是拥有神力的证明。
于是战争很迅速的蔓延开来，被虐杀的一个个场地都变得不堪入目，地球母亲变得满目疮痍，那因为战争而带来的伤害已经让这颗美丽的星球死去了。是的，人类失去了自己的住所，于是，人类这个种族便消失了，永远的，消失了，留下的，仅仅是那个愚昧的种族的残渣，半吊子的虚兵机，为了继续活下去，人类已经放弃了作为人类的权利，不得不成为虚兵机而活下去，他们不再是人类，而是虚兵机。然而即使是落到这样的地步，战争任然没有停止，仿佛是发了疯一样的侵蚀着虚兵机的存在，绝望的时期持续了4年之久。
RM0446年，light博士用自己的毕生心血创造出了将战局再一次发生了彻底扭转变化的兵机，传说中的异常狩猎者：真红之烈刃——ZERO，苍蓝之咆哮——X，被称为史上最强的两个兵机，ROCKMAN系列的01号和02号，light的毕生心血。因为他们两人的出现，四天王居然被压制了，虚兵机与兵机居然出现了平手了状态……
2年后，也就是RM0448年，light博士离开了，永远的离开了这个世界，并不是含笑九泉，而是带着无尽的悔恨，闭上了双眼。战局没有太大的改变，由虚兵机自立的人类反抗组织发起的多次对sigma的刺杀都相续失败，而ZERO和X也渐渐的受了伤，变得不是那么的轻巧，不是那么的无敌了，然而这个时候已经是300多年后的RM0822年的事情了。
神话的机械修理师，天才少女——ciel的出现使得ZERO和X更加的强大了，她是被称为超越了light的机械达人，居然拥有可以修复R系列素体的能力，于是，人们认为时机已经成熟了，是时候该给这个战争做一个了结了，于是发生了中秋节的雅金之战。因为这一战，世界又一次发生了极大的变化，ZERO和X以及sigma完全死亡，人类失去了唯一的救星，而兵机失去了唯一的首领，双方都收到了巨大的打击，但是，仍然活着的四天王，开始了属于他们自己的人生，但是，那居然是和sigma存在的时候一样，他们居然也是以杀害人类为目的而活动了，于是虐杀仍然在继续，直至今日。
RM1222年，伯古拉大沙漠，ciel的曾孙女marida在这个伯古拉大沙漠的人类反抗组织中解开了由总部在10年前传来的秘密007芯片，但是就是在这个时候，这个10年以来都没有被兵机发现的基地突然受到了斗将的直属部下flame的攻击，在flame的攻击下，整个基地毁灭，只有marida幸存，然而被flame追击，就是这个时候，出现了自称是ZERO的继承人的兵机——EX。
和ZERO一样的长相，不一样颜色的盔甲，以及一把这个时代一点作用的没有的实体武士刀。就是这样一个让人无法理解的存在，以LV.6的力量，将flame秒杀，然后向marida说出了自己的目的，并且告诉了marida，人类反抗组织总部恐怕已经被完全消灭了的推测，并且也告诉了marida自己是ciel利用light留下的最后一个R素体，03号素体所创造出来的兵机，EX的目的只有一个，那就是杀死X。因为当时ciel通过装载在ZERO体内的摄像头所看到的事实是X将ZERO杀死了，所以推测现在的幕后主谋就是X本人，但是令人不解的是，如果真的是X，那么四天王没有服从他的理由，X又是出于什么目的而杀害了ZERO并且要杀害人类呢？
带着这样的疑问，他们两人开始了追求真相的旅途，第一个要去的地方是007芯片上解析出的地图的地点，赫拉大草原的南部，然而到达那里之后，找到的不是芯片里的装甲，而是传说中的虚兵机的最强的战士自由战神之JADA，JADA发生了叛变，并且为了marida而开始了与EX的战斗，EX在战斗中启动了operation ZERO，引出了JADA的一段回忆，JADA的回忆上说ZERO是毁灭他家乡的犯人，他的父母就是死在了ZERO的刀下，然而使用了operation ZERO的EX已经和ZERO长得完全一样了，侥幸的在JADA的恐慌中胜利，将JADA杀死。
然而EX身上发生了异变，EX突然变成了一个虚弱的人类的女孩子，在EX的叮嘱下，marida一头雾水的制造了一台可以长期高速移动的摩托车。第二天，EX醒来，将marida带到了自己的秘密基地，奥拉沙漠的中部。奥拉沙漠本来就有十分强大的VPD力场，所有的兵机和虚兵机都无法达到VPD力场最强的中部。EX向marida解释了自己的异变，原来operation ZERO是ciel设计的一个负担十分大的程序，EX在使用后3天内将变回原本的样子，也就是LV.0人类，并且也向marida说明了自己是ZERO和ciel的基因的繁衍，也就是ZERO和ciel的女儿，表态了自己其实并不想复仇。然而marida也对EX产生了同情，两人渐渐的有了好感，相互的安慰对方，使得她们的羁绊更加的牢固了。
在和marida商讨过后，两人决定去南方的班克基地，因为那个基地极其隐蔽，所以最有可能存活，于是两人又开始了旅途。途中marida说出了JADA的那段记忆是错误的假设，JADA很有可能是被洗脑后灌输了假回忆，然而这就让marida和EX确信，在兵机那一方中肯定存在着什么阴谋。到了班克基地的两人见到了班克基地的首领cris，完全不知道班克基地的真相的marida被cris拉入了实验室，告诉了她这里的非人道的VOEN计划，并且这是总部的意识，要求marida加入，可是却遭到了marida的拒绝，就在cris准备对marida下手的时候，那个传说中的兵机，四天王之一的影将squall出现了，并且将班克基地整个毁灭，告诉了EX和marida自己当时发现了007芯片上所显示的装甲，并且把装甲和与装甲放在一起的008芯片交给了marida，说自己相信marida能够好好的使用这些，必定能走向正义，于是squall就消失了。
留在班克基地的marida遇到了VOEN计划的幸存者，白色的猫娘（好吧，我自重。）。并且给她起名为noel，让其跟着自己一起旅行，解开了008芯片之后，她们又向着芯片中所说的那个人物，西方基地的首领tornado的所在之处前进了。此时，squall回到了雅金总部，故意发起攻击，引出了贤将thunder之后开始了与thunder的谈话，希望thunder能够明白现在的BOSS身上是有问题的，希望thunder能够支持marida，但是固执的thunder还是拒绝了squall的请求，于是squall离开了雅金，开始追寻marida一行人。
到达西部的marida一行看到的是贤将的直属部下storm正在攻击西部总部的景象，于是marida用如果storm不立刻离开，她就立刻将手中的装甲芯片破坏掉。于是storm不得不暂时撤退。与tornado见面的marida说出了一切她所知道的事情，就在这个时候，受到thunder的指示，storm告诉了marida西部基地正在制造着能够一炮毁灭十分之一雅金的恐怖武器——六响。并且要让marida劝诱基地内部的人员毁灭自己花了100年的心血才创造出来的六响，做不到的话，storm就会开始无差别的攻击。然而marida做到了，可是，storm却在这个时候被什么人控制了，开始对西部基地进行了无差别的攻击。于是刚刚变回兵机的EX开始了与storm的恶战，在牺牲了一只手臂的前提下，EX十分难看的取得了胜利，然而噩梦才刚刚开始，因为这个时候出现在西部上空的居然是四天王之一的妖将namiya，namiya是为了marida而来的，顺便将装甲芯片取走。
Tornado挺身而出，给marida一行留下了后路，于是marida坐着tornado留下的专线，开始了向着北方的旅途，然而tornado自然的死在了namiya的手上。无法追上marida的namiya向BOSS汇报了结果，于是BOSS出动了斗将fiend，而namiya也为了以防万一而缓慢追击着。在专线上，marida自己从新制造了一只R素体的手臂，然后修复了EX，让EX很吃惊的，marida也拥有可以修复R素体的能力，并且marida还调整了EX的系统，为EX制造了operation EX，希望EX能够活出自己。
专线到达的终点是极北之地奥哈拉雪区，然而在那里等着她们的，是四天王之一的斗将fiend和影将的直属部下rainbow。由斗将提出的向EX的挑战，EX无法不接受，因为即使这时用装甲芯片来威胁他也没有用，因为不论是对于妖将还是对于斗将，芯片都是次要的。所以EX与斗将开始了恶战，EX在战斗中失去了自己的爱刀，那把雪樱一文字终于断在了fiend的手上，打开了operation EX的EX与fiend的最后搏命一击敲定了胜负。Fiend失去一只手臂，而EX则是能量用尽。
EX是R素体的事情立刻被rainbow暴露了，接到了更改任务的fiend必须要杀死marida，但是被突然出现的影将squall阻止了，于是fiend带着装甲芯片返回了基地。到了基地的fiend询问BOSS修改命令的理由，BOSS的回答则是：marida既然能够修复R素体，那就一定可以创造R素体，就现在而言，marida是一个十分危险的存在。
昏迷中的EX似乎在意识中见到了ZERO，并且开始了与ZERO的对话，而marida一行则是来到了北方基地总部，并且与北部领导人EVO会面了，告诉了EVO所有的事实，希望她能够借助marida解析芯片的地方，EVO在以squall说出所有一切squall知道的事情为条件的前提下，答应了marida的请求，于是marida开始解析008芯片，而squall则开始和EVO诉说她所知道的历史。
此时，在人类反抗基地的东部，布鲁之洋，东部首领的adonis带着已经完成了的天雷战舰搭载着六响加上30体的半成品的VOEN开始了对雅金的突然袭击。此时，为了追击marida一行，thunder也被派遣了出去，留在基地能够成为战力的，只有斗将fiend和影将直属部下rainbow和妖将直属部下dancer，在adonis残忍的无差别攻击下，雅金陷入了异常的危机之中，于是BOSS向thunder下达了返航命令，thunder启动了急速模式向雅金进发。
而斗将则与adonis发生激斗，虽然斗将启动了自己的特殊能力，在凤凰模式下的火焰可以拥有装甲破坏的能力，但是在adonis的强力下，斗将全身被毁坏，不得动弹，而rainbow与dancer也与VOEN进行着苦战，就是这个时候，thunder出现，使用了特殊能力等级崩溃将adonis击溃。
而此时，北部奥哈拉雪区，namiya已经追击到了marida的所在地，squall让marida立刻完成解析，但是最快也要10分钟，所以这一段时间之内，squall就开始了与namiya的战斗，但是，就是在刚刚开战的那一瞬间，squall便被贯穿了身体……
以上就是之前章节的简述，仍然存在很多很多的谜团，接下来的文章里会一一解读，请大家继续支持洛克人EX！谢谢大家！