*ABSOLUTE（アブソリュート），中央宇宙，通称绝对领域。是EDEN与NEUE来往、也是和其它平行宇宙联系的次元宇宙。绝对领域里有为数不清的大门通往各种不同的平行宇宙。
*NEUE（ノイエ），是第二代银河天使主角的舞台，也因600年前的时空震而文明陷入严重倒退。不过在科技先进的EDEN（地球也属于EDEN了）援助下逐渐复兴。NEUE中心的主要势力是以セルダル为主星的セルダール王朝，另外王朝下有魔法行星マジーク、奈米机械技术发达的行星ピコ、代代为宝物猎人家族（トレジャーハンター）统治的行星アジート。
在第二代游戏中月之天使队已经解散，而新组成Run天使队（ルーンエンジェル队）、与新造战舰ルクシオール(露克西奥路)应付在NEUE出现的新威胁：由ABSOLUTE古代沉睡的管理者ヴェレル叛变引起的动乱。
一章平行世界连合
从上次的「ヴェレル」之乱已经过了半年，EDEN（エデン）军和NEUE（ノイエ）军重新取回ABSOLUTE（アブソリュート）的控制权。并成立了并行世界连合军UPW(UnitedParallelWorld)，UPW负责ABSOLUTE的政军权力（其中核心战力就是李成的精锐直属部队——地球联合军第81独立机动军），独立于EDEN军和NEUE军之外。继续开启ABSOLUTE中未发现的，通向其它宇宙的次元大门。
而NEUE复兴工作也上了轨道，EDEN与UPW将不再干涉NEUE事务，维持NEUE的独立和文化的独特性。ルーンエンジェル队与ルクシオール战舰由EDEN军重新编入UPW军，而原ルクシオール舰长．皇国英雄塔克德成为UPW的最高副指挥官。地球联合军总司令李成元帅为UPW的最高指挥官，战舰ルクシオール由可可（ココ）上尉暂时代理舰长职务。
二章 冲撃の人事异动
ルクシオール收到了人事调动命令，将会有一名新成员加入ルクシオール。在大家的迎接下，出现在他们面前的是タピオ.カー中校。他是新任的舰桥操作员主任（ChiefOperator）。由于他官阶比代理舰长可可大，大家都担心可可会解除职务离开ルクシオール。而且タピオ中校纪律分明、做事严肃苛刻。让大家对他的印象起初并不好。ルクシオール到达ABSOLUTE后，突然接到タピオ中校传达的模拟战斗命令。天使队被强迫参加一场与上次「ヴェレル」之乱残存下来的无人舰进行一场模拟战斗。由于天使队在作战中太大意，导致母舰ルクシオール陷入了险恶的状况。这时出现在他们眼前的是一架全新的纹章机。这架新纹章机综合了EDEN和NEUE的外型，一下子就击沈了三艘敌舰。新纹章机的驾驶员：来自EDEN的ロゼル.マティウス(罗塞尔.马蒂乌斯，长得有点象华恩的那个黄毛)被编入天使队，他是继主角カズヤ之后，第二位被编入天使队的男性队员。而这架新纹章机ホーリーブラッド（HolyBlood）(圣洁之血？)，便是研究失落的科技后，第一架试作型的量产型纹章机。最后，代理舰长可可因之前辉煌的战功，被李成和塔克德连进三阶成为上校，正式成为ルクシオール的新舰长。(当年的雷达员开始独当一面了~~)而タピオ中校成为副舰长。
三章宣戦布告
ルクシオール从ABSOLUTE回到NEUE，预定经过セルダール前往边境行星コフーン的任务。在途中，大家还是惧怕着副舰长タピオ中校。虽然塔克德解释说，中校只是比较遵守军纪跟严肃了点，但他其实还是个好人，而且能力也很强。另外新天使队员ロゼル是从前黑月的管理者诺亚（ノア）培训出来的天才驾驶员。新的纹章机使用AI精准控制超时空弦动力，代替原本的纹章机使用驾驶员精神状态来操纵的H.A.L.O.系统。这样只要是受过良好驾驶训练的飞行员，也能操纵纹章机。ロゼル天才的能力在舰上帮了许多人的忙，不久就取得全舰人们的信任。
此时，アームズ.アライアンス国家连合的共主十六夜（イザヨイ）公爵家声明为了推翻セルダール王朝的暴政、解救痛苦生活的人民，于是发起对セルダール的宣战布告。ルクシオール被アームズ.アライアンス军攻击，卷入NEUE新的政治权力争夺。而且传来了セルダール、マジーク、ピコ、アジート行星都被アームズ.アライアンス军制压的消息。而通往ABSOLUTE唯一的时空大门也被アームズ.アライアンス军破坏。ルクシオール被孤立在NEUE。但在遭遇アームズ.アライアンス的第一场战斗时，众人惊觉原来タピオ中校是法伦·法斯科。虽然法伦·法斯科在四年前就被月之天使队和圆桌骑士队击败，但是仍有残存的人渗透进EDEN，伪装成普通人生活着。而タピオ中校则是为了了解皇国两位英雄塔克德和李成致胜的原因而从军，然而他已经没有与天使队敌对的念头。现在则是与EDEN的人们一起共同努力着。(哇塞......华尔法斯克真的和EDEN联手了哎......)
十六夜公爵家目前的当家「十六夜枣（ナツメ.イザヨイ）」亲自驾驶她的纹章机「パピヨンチェイサー（PapillonChaser）」迎战天使队。然而她的机体并不像天使队是受过训练和调整过的装备，因此被天使队捕获。枣是只有11岁的少女，目前是アームズ.アライアンス名义上的共主。然而当她被抓时，アームズ.アライアンス并没有为了营救枣而对ルクシオール攻击。而アームズ.アライアンス实质掌政的三公爵：カルバドゥス.カジェル（通称「カジェル」候爵）、ベネディクタイン.パイク（通称「パイク」侯爵）、ジュニエヴル.ハチェット（通称「ハチェット」摄政）则是对ルクシオール发出了挑战书……
另一方面新任舰长可可惶恐不安，自忖自己不适合当舰长，她在几次重要决定时不敢做出决断。（アームズ.アライアンス对ルクシオール宣战时，因ルクシオール属于UPW军。一般来说ルクシオール已经没权利继续干涉NEUE内部政治事务。然而她必须要在是否帮助セルダール之间做出决定。）ロゼル和タピオ中校都认为，可可如果在ルクシオール战斗时无法做出决断失去领导能力时，决定由タピオ中校暂时接手指挥权。然而这么做却会降低已跟可可相处许久的天使队士气。最后烦恼的可可想起塔克德和李成送给她的升职「礼物」，里面是有两个人的记忆和个性的AI全像投影，迷你的「塔克德」和「李成」（十分可爱）相信可可的能力并要她相信自己。下定决心的可可解开她的头发拿下眼镜，以全新的形象面对众人，成为精明领导的舰长。
四章豪腕の将军
从セルダール赶来的信使传递消息给受到通讯封锁的ルクシオール，这时已确定セルダール被アームズ.アライアンス军制压。而且奇怪的是，アームズ.アライアンス军出现时，各地方的舰队全数都失去动力无法作战。所有的行星就这样白白被アームズ.アライアンス军接收。本来科技落后的アームズ.アライアンス的舰队却似乎拥有NEUE和EDEN未知的先进科技。
首先收到的挑战是来自カジェル候爵。カジェル候爵占据着アジート行星。也是一位天使队员安妮斯（アニス.アジート）(茴香)的出身地。カジェル候爵在アジート行星前布开了大规模的舰队迎战天使队。然而熟悉当地区域的安妮斯与主角绕过难以侦测和发现的小行星带，从カジェル候爵舰队后方偷袭。成功击退了カジェル候爵的旗舰，收复行星アジート。
五章狡猾なる公爵（狡猾的公爵）
第二次挑战是来自パイク侯爵占据的行星ピコ。パイク侯爵以狡猾和喜爱布阵陷阱有名。他在ルクシオール前往ピコ行星的航道上布置了埋伏舰队。然而十六夜枣发现三侯爵已经抛弃了她时，她便把パイク侯爵的陷阱位置告诉ルクシオール，ルクシオール因此轻易的躲开了埋伏陷阱。虽然ピコ行星前仍有相当数量的舰队等着他们。天使队却潜入利用ピコ行星的防卫卫星，重新启动它的自动防卫系统。因此成功打乱パイク侯爵的舰队，击退了パイク侯爵的旗舰。解放行星ピコ。
在防卫卫星里，カズヤ发现了ロゼル小心带在身上的项链。里面是一个很可爱的女孩子照片，ロゼル说那是他已过世的妹妹ビアンカ。ビアンカ从小就希望能在星空间飞翔，ロゼル想帮ビアンカ分担这希望，于是去报名成为驾驶员。但是后来ビアンカ因病去世。她的愿望没能在ロゼル毕业前完成。
而ピコ行星的防卫卫星也是其中一位天使队员ナノナノ.プディング(娜诺娜诺)的家乡。
六章忌まわしき摂政（不祥的摄政侯）
第三次挑战是来自摄政官ハチェット位于マジーク的挑战。但是著名的魔法行星マジーク都是以魔法为舰队动力来源。为何会失去动力.而且マジーク上也有着高强的魔女，为何会被ハチェット摄政攻占也是最大的谜题。在マジーク出身的其中一位天使队员カルーア（テキーラ）.マジョラム(卡露娅/迪基拉)提议侦查下，发现了一个失传很久、邪恶且非常强大的「禁咒」。就是这个禁咒抑止了マジーク的魔法。天使队决定破坏这个禁咒，但是ルクシオール唯一会魔法的テキーラ（她也是NEUE最强的魔女之一）被禁咒强大的魔力打败。而她的表人格カルーア却害怕使用魔法。在摄政官ハチェット舰队的强烈围攻下，カルーア为了拯救陷入危机中的天使队，终于打破心结，使用魔法解除了禁咒。最后在苦战后，成功击退ハチェット摄政的旗舰。而十六夜枣终于了解到她不过是被推出来的虚位共主，被三公爵当作政治棋子使用。在感到背叛及悲伤的心理下，十六夜枣与她的纹章机决意加入天使队……
这时也说明了原本拥有魔法强大力量的マジーク，为何无法成为NEUE的领导者.以前マジーク进攻セルダール时，セルダール有一批专门对付魔法的骑士团，就是这群骑士团确立了剑之王国セルダール在NEUE的领导地位。
七章退魔の剣
被天使队击败的三个侯爵，在他们背后似乎还有更大的黑手。这三场不像战争的战斗，似乎都被规范在这幕后黑手的规则下。三侯爵为了得到某种东西而对天使队下了挑战书。在最后一战，ルクシオール收到了三侯爵将在セルダール一起迎战天使队的最后决战挑战书。三侯爵由于互相竞争，急于得到幕后黑手的「键（钥匙）」，三人无视战术的一齐攻向ルクシオール，但他们的舰队也被天使队一一击破。ハチェット摄政到最后恼羞成怒想打破规则、再次使用禁咒攻击行星セルダール地表无辜的居民。但被セルダール代代迎战魔法的最强骑士团，由セルダール骑士团出身的天使队员リリィ.C.シャーベット(莉莉)成功阻止禁咒的攻击。
ハチェット摄政眼见禁咒无效，立刻使用传统武器攻击セルダール，千钧一发之际被赶到的UPW军エルシオール阻止。但是在星空中突然出现了一条裂缝，三侯爵的旗舰被吸进裂缝中的异空间中，消失无踪。
消失的三侯爵也随着アームズ.アライアンス军的叛乱结束。但是谜题仍然还没解决。后来听塔克德和李成的说明才晓得，UPW军刚好在ABSOLUTE那一端修好了次元的大门，实时阻止三侯爵的攻击。而在アームズ.アライアンス军的叛乱发生时，EDEN和发生了大事。EDEN失落科技的神圣象征「白月」，被突然出现在天空中的次元裂缝吞噬。李成的旗舰钢铁号也差点被吞噬，而这裂缝与吞噬三侯爵的裂缝似乎是同样的东西。来自异次元的威胁已经不只影响NEUE，随时敞开的异次元裂缝也可能将任何行星或船舰吞噬。
但是三侯爵已经消失，天使队和UPW军也无法主动采取行动。只能做好准备迎接即将到来的威胁。而前月之天使队队员则被紧急召回EDEN，协助巡逻。同时地球联合也派出真。雷等5位圆桌骑士和他们的直属部队前来支援
タピオ中校讲述了关于法伦·法斯科的历史。其实法伦·法斯科原本是存在于ABSOLUTE的一支种族。他们是「机械管理者」，也就是擅长操作ABSOLUTE一切设备的阶层种族。而中央管理者则是像ヴェレル一样的种族。之后，法伦·法斯科决定推翻ABSOLUTE的中央管理者。于是管理者与法伦·法斯科发生了战争，法伦·法斯科战败后被管理者驱逐到其中一个宇宙，那个宇宙就是EDEN。而原本法伦·法斯科制造时空震装置原本就是要对管理者进行复仇的计划。600年前他们使用了时空震装置后，连带的也影响到了ABSOLUTE宇宙。而使得中央宇宙绝对领域的功能丧失。管理者们也就放弃离开了ABSOLUTE。(哇塞.......原来华尔法斯克的来头这么大。看来当初打败盖伦还是有点侥幸呢......)
但是最后，盖伦的侵越欲望越来越强烈，于是他就先对EDEN进攻，再占领了EDEN后，又向地球发动侵略，但是没有想到地球军的科技实力战斗力实在是太恐怖了，结果全军覆没，于是转而向特兰斯巴尔皇国侵越，但是没有想到又和地球对上了，结果最后导致盖伦的失败···
八章完全无欠なデート
天使队在最终决战前得到短暂的休假，以提升精神力操纵纹章机。主角カズヤ在セルダール遇到前月之天使队队员薄荷．布拉曼修（ミント.ブラマンシュ），她是唯一还留在NEUE的前月之天使队队员。她这次来NEUE是接替她退休的父亲，就任布拉曼修财阀的总帅。只是アームズ.アライアンス军发起叛乱，她被暂时留在セルダール。她告诉カズヤ，她的购物商船（一艘巨大的补给舰，里面有大量的游乐设施与购物中心。）刚好也停留在セルダール。于是カズヤ决心趁机邀莉可去购物商船约会。当莉可很高兴的答应邀约时，ロゼル希望能在最终决战前亲自调整好他的座机，而请莉可帮忙。カズヤ不顾莉可的心情就答应了莉可帮ロゼル调整。而カズヤ随后越发自卑，自认在各方面比不上ロゼル。当约会日期近时，カズヤ故意跟莉可避不见面。到了当日，カズヤ彷佛变了一个人，他穿西装拿束花出现在莉可面前。而且约会预定地点都安排妥当。カズヤ自认为这样可以让莉可看到他也是完美的好男人，但是这却让莉可感到寂寞……。最后就在约会要结束时，莉可哭着跑离カズヤ，这时出现在莉可面前安慰她的却是ロゼル。
不懂莉可为何伤心颓废像一副死人样的カズヤ百思不得其解。这时ロゼル对カズヤ说因为与莉可工作投机，所以相处下来他发现他喜欢莉可（看主角选哪位ロゼル就会当主角的情敌），认为就算カズヤ是队长，但是恋爱是公平竞争的。于是ロゼル打算向女主角告白。当カズヤ与其它人谈过之后才知道他没有注意到莉可对他的想法。莉可根本不在意カズヤ帮不上维修班人员的忙，而カズヤ这种举动只是让莉可觉得他们两人的距离越来越远。当カズヤ终于顿悟他只要有他自己的优点就好时，他急忙前去找莉可。但是他发现ロゼル在银河展望公园正要和莉可告白……。カズヤ勇敢说出心中的话，并且和莉可和好。ロゼル知道他们是两情相悦没有介入的余地之后，向カズヤ道歉并且退出了这场竞争。
最终章无限回廊（也就是第三部的开始）
次元的裂缝再次在セルダール上空打开，但这次不是东西被吸进去，而是出来一个庞然大物。那是EDEN前阵子失踪的「白月」。UPW军紧急上去白月调查，他们在白月发现之前被吞进去三侯爵旗舰的士兵。但是三侯爵本人与船舰则不知去向。白月的管理者夏朵扬（シャトヤーン）(白月之圣母)与白月的侍者们都安然无恙。他们说明他们见到被吸进去的空间，是一个不同于其它宇宙，上下有着像星云般的气体，中间偶尔有几道螺旋状云雾贯穿其中。而四周放眼望去黑漆一片。没有星星、没有银河……在白月面前出现的是一个巨大的人影，有着像天使般的翅膀，发出耀眼的光芒。对白月说，这里是叫做「无限回廊」的次元狭缝，无限回廊可以自由往来任何次元及宇宙间。不需要经过ABSOLUTE的时空大门。在此没有空间与时间的概念。那人影并要求ルクシオール与天使队单独穿过裂缝前往此地。不去的话，他会每天将一颗行星吞噬进无限回廊之内。ルクシオール别无选择，只能听从那真正幕后黑手的要求。而ルクシオール在出发之前，带上了之前「ヴェレル」之乱使用的超级兵器：双时空破坏加农炮（デュアル.クロノ.ブレイク.キャノン）。虽然此行前去有可能一去不复返，但是做好觉悟的天使队和ルクシオール成员们，挺身前往被称为「无限回廊」的未知领域............
在他们进入无限回廊之后，他们的眼前出现了和白月的人们看到一样的东西。那是一个巨大的人像。他自称是来自ウィル文明的パルフェ。他看了ルクシオール前几场对付三侯爵的精彩战斗后，他非常满意。于是他决定给ルクシオール最后的两样试验。如果ルクシオール通过这两项试验，那パルフェ他就会将最后的宝物传授给ルクシオール。当大家都还不知道到底是什么状况时，第一项试验已经开始了。战舰ルクシオール的周围出现了大量的重力井，是由一群中子星和黑洞突然形成的重力扭曲。ルクシオール被强大的重力捕获，为了逃出这些重力漩涡，タピオ中校使出他的法伦·法斯科特有的可以任意操纵机械的能力，以优秀的技术直接操纵着ルクシオール钻过重力中间平衡地带。但是重力井接二连三的出现，タピオ中校也达到能力上限。诺亚(黑月之圣母)接手计算航道不久后也负荷过度。但这时诺亚却发现到莉可的特殊能力……莉可似乎可以精准的感觉到重力的牵引，这似乎与她超乎常人绝佳的神经平衡有关。诺亚想到一个方法，她要莉可坐上纹章机连接H.A.L.O.系统，并要タピオ中校操纵机械的能力连接上莉可纹章机的H.A.L.O.系统。这么一来タピオ中校就可以得到立即的数据并且指挥舵手变更航向。这方法奏效了，ルクシオール成功逃离重力漩涡地狱。但是接下来紧接着的是第二项测验……。
在他们面前出现的是失踪的三侯爵和大量的舰队。看样子第二项试验就是要再次打败三侯爵吧。但是这时カルーア感受到了一些东西。ハチェット摄政似乎想透过用魔法来与ルクシオール沟通。十六夜枣问ハチェット摄政为何要用カルーア当接口使用魔法沟通，而不用一般通讯呢.ハチェット摄政说，他并不是不用，而是不能用。因为他们三侯爵的肉体都已经消失了，被パルフェ用他们的旗舰当作他们的身体。枣再次劝说ハチェット，这场战斗没有意义。因为枣就是给ハチェット摄政教育长大的。枣说：你教给我的那些处事的道理、甚至像父母般给我的亲情难道也是装出来的吗.ハチェット没有回答。只说他也没有退路了。如果想要回到原本自己的身体，就必须要打败天使队……这是パルフェ开给他的最后条件。原本ハチェット会听从パルフェ所提供的「试验」，就是为了要得到通往这里无限回廊的那个「钥匙」。这也是为了NEUE的进步与发展……他没再多说。天使队与ハチェット都被迫参与这场パルフェ所搭好的游戏台……。
天使队大破三侯爵的舰队。但是他们并没有击沉ハチェット摄政的旗舰......他的身体。但是突然出现的一道强力的能源光束，还是彻底摧毁了ハチェット。パルフェ终于现出他真正的面貌。在一面形状看似天使的双翼被钉在十字架上的巨大盾牌前，パルフェ巨大的身躯与那奇怪的物体似乎是一体的。看样子パルフェ的确不是人类。パルフェ露出满意的笑容，他认为ルクシオール通过所有的考验，因此有资格获得「无限回廊之键」。无限回廊之键便是通往无限回廊的科技技术，而这开启异次元狭缝的技术便被他称为键（钥匙）。而为了证明他们有得到钥匙的能力，于是パルフェ设计了这一系列的试验。三侯爵也是这项试验的挑战者。但是被天使队击败。而获得胜利的天使队和ルクシオール将能够继承这钥匙以及他们ウィル文明超先进的技术。パルフェ自称是来自ウィル文明的使者。他们一直在寻找着能够继承他们的先进科技的人们。以便将这等先进的技术传播发扬出去。主角询问パルフェ要怎么做才能达到他们的理想.パルフェ说：首先要选出一位神和一位女神。他们的存在将会是绝对的、权威的。而且能够长生不死。这样便可以将先知福音和来自神的恩惠（科技）传播出去。而且パルフェ还指定主角カズヤ是这个神只的最佳人选。然而，パルフェ的用意是要继承者们消灭其它文明，建立一个大统一的跨次元宇宙统一文明。カズヤ断然拒绝了パルフェ的「礼物」，他认为建立联合的、和平的多样文明才是每个人心目中的愿望。强力统一只会导致不幸。不管是人与人、还是国家与国家种族与种族间，互相尊重发展才是大家所想要的。(男主角终于雄起了......赞)
パルフェ的表情转为失望。他认为这些低劣文明的人们不可能了解像ウィル这个超先进文明的理想乡，既然他们是落后没用的文明，那就：排除。
与パルフェ的决战似乎一触即发无法避免。但是大家都同意カズヤ的想法，也决定要守护他们所拥有珍贵独特的事物。每人都抱着觉悟的决心一战，パルフェ的面前从时空裂缝出现了大量的战舰，为了击破パルフェ的防护罩，ルクシオール必须要近距离对パルフェ使用双时空破坏加农炮。天使队奋力一一击沉如同潮水般不断出现的敌舰，替战舰ルクシオール杀出一条血路。ルクシオール的双时空破坏加农炮火力全开，击破了パルフェ的护盾，但パルフェ同时也破坏了双时空破坏加农炮。最后パルフェ对天使队下杀手，其强大的力场竟然能将H.A.L.O.系统的能量逆流，天使队的驾驶员们受到强大的能源波冲击而全部昏眩过去。只剩唯一没有使用H.A.L.O.系统的主角カズヤ和ロゼル平安无事。但是カズヤ的纹章机做不了什么（主角的纹章机并非攻击型，而是透过与其它纹章机合体增强威力。），紧急状态下ロゼル叫カズヤ快和合体纹章机分开。天使队失去战力，ルクシオール的双时空破坏加农炮也无法使用，这时パルフェ将要下最后致命的一击……。面对如此绝境ロゼル做了决定，他要カズヤ尽快远离パルフェ，之后便开着他的纹章机全速冲向パルフェ，使用他的必杀技全力往パルフェ刺击。半残破的机身一半嵌入パルフェ的身躯里，ロゼル用他剩余的力气按下解放时空弦能量的按钮，与パルフェ一同自爆。
结局：ロゼル的牺牲拯救了ルクシオール和天使队。被世人誉为英雄的ロゼル连升二级，成为ロゼル.マティウス上尉(追认......)。后来ルクシオール沿着前来时的裂缝平安的返回了NEUE。迎接他们的是：セルダール军、UPW军、マジーク联合军和投降的アームズ.アライアンス军。而昏迷的天使队员们也在医生的细心照料下恢复意识。半个月后，通往无限回廊的时空裂缝慢慢缩小消失。想前往无限回廊研究的科学家们也只能作罢。UPW军在ABSOLUTE发现了通往另一个宇宙的时空大门，并且找到了代替梅尔菲.樱叶（ミルフィーユ.桜叶）的守门人（ゲートキーパー）(再找到新的守门人后，李成立刻就和梅露菲优跑回地球休假去了，把活都丢给了塔克德，而塔克德而合也和香草和奈奈跑了···此时剩下的活全是基诺和雷斯特的，他们不得不干，虽然恼怒，但是基诺想到李成梅露菲优毕竟那么长时间没有在一起了，于是也就认了···后来李成带着梅露菲优回来了，毕竟一直麻烦基诺也是不好，但是梅露菲优可以不用管理大门，所以李成也就可以天天的吃梅露菲优的美味料理，结果几天多的时间就把堆下来的活给干完了····)。而这次休假，カズヤ请莉可带他去EDEN参观，并且到ロゼル的家乡去探望ロゼル妹妹ビアンカ的坟墓，跟她说，她哥哥是位很了不起的人物……