本作的舞台是前作的4年后，故事发生在NEUE，这是与前作的伊甸不同的平行世界。标题中的所谓“绝对领域之扉”指的是使用失落的技术进入到叫做“绝对领域”的地方。

那里有一座神殿，原来是统治全宇宙的地方，从那个地方可以前往任意一个世界。由于时空震的原因被废弃，后被地球联合和皇国发现

塔科特在本作中将会作为天使队的指挥司令官登场，同时军衔也是准将了，李成也会以地球军事总顾问出现，主角则是新队员卡兹亚，前往新女主角们所属的天使队赴任。卡兹亚驾驶着“勇敢之心”号纹章机，这种纹章机并非单机作战，而是可以与其它5部机体合体作战

此次的敌人是发现神殿后唯一幸存的人—斐列路，他囚禁了神殿选中的时空女神梅露菲优，企图统治全世界，但直到最后才发现这个梅露菲优是一个假货，真正的梅露菲优早在他掀起叛乱之前李成就转移了，原来在发现他的时候李成就对他不太相信，于是早做一个假货在他反叛前夕来顶替梅露菲优。真的梅露菲优李成早就转移到VADE（地球军的巨型母舰）里面了，但是这件事只有他和塔克德知道，为了是保密。

斐列路在知道真相后感叹与李成为敌真的是不明智的啊···

最后天使队击败了斐列路，夺回神殿，而后李成亲自驻守神殿，和他的精锐部队-81独立机动舰队，而塔克德他们则继续进行冒险旅程····

第二部

故事发生在前作半年以后，一个新的组织——UPW（United Parallel World，平行世界联合）成立了，塔克德和李成均在其中出任高层。同时，

路克西欧鲁迎来了新任舰长——原艾尔西欧鲁雷达员可可、她的副官——华尔·法斯科的塔皮欧·卡，以及一位新的男性天使队员——罗塞尔·玛特鲁斯。

与此同时，NEUE宇宙中发生了三侯爵叛乱，他们组成Arms Alliance（武装联合），驱逐了阿兰亚斯法定的王位继承人枣·十六夜，向NEUE的中塞鲁达鲁发起攻击，企图支配NEUE。但是却很在初期就劫持了地球军的运输船，使得地球军对其宣战，李成再次率领地球军，和天使队一起攻击Arms Alliance（武装联合），而历经艰辛击败三侯爵的李成元帅却发现，这一切的背后似乎隐藏着一只看不见的黑手……

而后李成元帅开始和塔克德将军接触·····

第三部

神秘天使队(Rune Angel)终于和自称神的男子——帕菲特正面对上了。

当无限回廊出现在华尔·兰达尔（华尔·法斯科的母星）的外太空后，路克西欧鲁立即前往迎战，却发现等待着他们的是海量的无人战舰。

正在这时，艾尔西欧鲁和钢铁号及时赶到，舰载人员正是4年前纵横银河时候的原班人马：司令官塔克德、副官雷斯达、通讯员阿尔茉、雷达员可可，还有月之天使队的五名成员以及李成、梅露菲优，而且还有他的12圆桌武士以及地球军特别行动大队精英战队。

新老天使队员和李成的地球军们历经艰辛终于消灭了无人舰队，而敌方已经把一颗质量是华尔·兰达尔五倍的星球催化成了黑洞，黑洞即将吞噬华尔·兰达尔……

面对帕菲特的杀手锏，不败传奇塔克德·麦亚兹和李成将如何应对？卡兹亚和神秘天使队又将何去何从？

最后大家李成再次使用自有天使（在这之后自有天使集合各个宇宙的精锐技术，可以说就是一部无敌的机体了）阻止了黑洞，宇宙终于恢复了和平··

平行世界联合UPW(United ParallelWorld)在这之后任由李成和塔克德人最高指挥官和最高副指挥官，同时真和雷特进入了平行世界联合UPW(United ParallelWorld)军任高级军官。

（由于日文不太好，所以第三部暂时无法完成，请大家谅解）