在心园市生活的主人公·九十九游马也热衷于卡片决斗，但水平只是初学者等级的连败者。以某事件为契机，游马与学校头号不良少年·神代凌牙以决斗对决。这场决斗，将游马的命运大大改变……！这场激斗中，总在游马的梦里出来的诡异大门突然出现。紧紧关闭的大门被打开的瞬间，无数光芒溢出，抬头一看身旁……那里站着从异世界来的神秘生命体·星光体（Astral）！为了取回星光丢失的记忆，取回99张“No.卡”，2人开始一起行动。
星光体出现的真正目的是什么？而新的怪兽“No.怪兽”这一存在又到底是何方神圣？强力竞争对手陆续在游马面前出现，而星光体身上的谜团也逐渐明朗化。由这个组合缔造的新决斗传说，如今揭开序幕！！