故事發生在2009年的日本，主角由別的學校轉到本故事的舞台”月光館學園”，才一到達學生寮，就遇上不可思議的事，更被來歷不明的怪物襲擊．．．．．．就在這時，主角的能力被喚醒，召喚出Persona，擊退敵人。為了尋找真相，主角就和朋友們走進神秘迷宮，開始了與別不同的高中生活了。